O orçamento do TCE/MS, cujo montante é fixado na lei de diretrizes orçamentárias, é apartado, não integrando o do Poder Legislativo.  

Anualmente, as contas dos municípios devem ficar, durante sessenta dias, à disposição de qualquer contribuinte para exame, podendo sua legitimidade ser questionada nos termos da lei. 

O Ministério Público Especial junto ao TCE/MS é composto de cinco membros, sendo um procurador-chefe, dois subprocuradores e dois procuradores.

A intervenção no município ocorre por decreto do governador, mediante representação do TCE/MS, exclusivamente se não forem prestadas contas nos termos da lei. 

O controle externo das câmaras municipais deve ser exercido com o auxílio do TCE/MS, que emitirá parecer prévio sobre todas as contas prestadas pelos prefeitos, dentro dos cento e vinte dias seguintes ao encerramento do exercício financeiro.