O TCU deve emitir certificado de auditoria levando em consideração a jurisprudência da unidade de controle interno do Poder Executivo federal, de modo a garantir adequada uniformidade de entendimento.

O TCU, nos processos de auditorias operacionais, usa metodologias específicas para análise do objeto auditado e apresentação dos dados coletados. Um dos métodos é o modelo insumo-produto, que objetiva demonstrar como o objeto da auditoria desenvolve as suas atividades, identificando, por exemplo, as informações e os recursos humanos, físicos e financeiros exigidos (insumos), os processos de transformação dos insumos em produtos e os bens e serviços ofertados (produtos).

O julgamento das contas dos gestores públicos em virtude de danos ao erário decorrentes de atos de gestão ilegítima ou antieconômica, ou por desfalques ou desvio de dinheiros, bens e valores públicos, é um meio de detecção de fraudes propiciado pela fiscalização adotada pelo TCU, e a modalidade específica de auditoria que o TCU utiliza para detectar fraudes é a auditoria de conformidade.