A contaminação pulpar ocorre, principalmente, pela cárie dental, e a maioria das bactérias apresenta motilidade, o que facilita sua chegada até a polpa dental, levando à sua inflamação. 

Enquanto a polpa estiver viva, as defesas do hospedeiro conseguem evitar que uma infecção se instale nesse tecido, contudo, em caso de necrose pulpar, bactérias podem invadir e colonizar o sistema de canais radiculares.

A infecção endodôntica primária é causada por microrganismos que colonizam o tecido pulpar necrosado. Pode ser chamada também infecção inicial. A microbiota envolvida pode variar de acordo com o tempo de infecção, com predominância de bactérias anaeróbias facultativas

Infecções persistentes ou secundárias são os principais agentes etiológicos do fracasso do tratamento endodôntico, caracterizado por manutenção ou aparecimento de lesão perirradicular radiolúcida pós-tratamento, caracterizada pela maior prevalência de bactérias gram-negativas.

A infecção extrarradicular está sempre presente em dentes com abscesso perirradicular agudo e é totalmente independente da infecção intrarradicular.