Os principais fatores que podem alterar a biodisponibilidade de medicamentos estão relacionados ao indivíduo e às características do medicamento.

No caso dos fatores ligados ao indivíduo, sua influência deve ser maximizada, o que ocorre quando o planejamento do ensaio de biodisponibilidade é bem executado, por meio de critérios de inclusão e exclusão bem definidos, seleção de um grupo heterogêneo de voluntários para o estudo e emprego de um desenho experimental adequado.

No caso dos fatores ligados aos medicamentos, podemos citar: polimorfismo, tamanho de partícula, solubilidade e natureza química do fármaco.

No caso das formas sólidas, após administração, o processo de dissolução do fármaco é fundamental para que o mesmo esteja em solução e possa ser absorvido podendo ser um fator limitante para a absorção.

O desenvolvimento de suspensões de uso oral ou intramuscular também pode ocasionar problemas, uma vez que o processo de dissolução do fármaco também ocorre.