A microbiota associada a lesões pós-tratamento endodôntico geralmente é mista, mas com bem menos espécies do que na infecção primária, com possível predomínio de bactérias facultativas.

As bactérias exercem um papel-chave no desenvolvimento das patologias pulpares e perirradiculares e o tecido pulpar necrosado, na ausência de infecção, não possui a capacidade de estimular, tampouco de sustentar, o desenvolvimento de uma lesão perirradicular.

As principais vias de acesso que bactérias utilizam para atingir a polpa são túbulos dentinários, exposição pulpar direta, doença periodontal e anacorese hematogênica.

O fato de os canais radiculares de dentes com lesões grandes abrigarem um grande número de células e espécies bacterianas, quase sempre organizadas em biofilmes, pode ajudar a explicar por que esses casos apresentam um índice menor de sucesso do tratamento.