A presença de placas brancas no corpo esofagiano é sugestiva de infecção por cândida. Nessa situação, a biópsia é imperativa e o tratamento só será realizado após a confirmação.

Pequenas ulcerações rasas, por vezes lembrando a forma de um vulcão, são sugestivas de lesões por herpes simples vírus. Nesse caso, a biópsia deverá envolver obrigatoriamente o fundo das lesões.

Úlceras mais profundas, por vezes grandes e com bordas bem marcadas, são sugestivas de lesões por CMV, achado que orienta as biópsias para fundo das lesões. A não identificação das alterações citopáticas no estudo histopatológico inclui as úlceras esofagianas idiopáticas no diagnóstico diferencial.

Em pacientes com doença avançada, cujo exame demonstre a mucosa esofagiana normal, devemos realizar biópsias seriadas do corpo esofagiano para identificação de germes oportunistas.