Fissuras, granulomas sarcoídicos e envolvimento transmural são a tríade típica da doença de Crohn no cólon. Das características a serem observadas em uma biópsia endoscópica encontam-se além dos granulomas, a preservação da população de células caliciformes. Se um cólon envolvido pela doença de Crohn contiver divertículos, o processo inflamatório geralmente poupa as formações diverticulares. Uma biópsia retal microscopicamente normal, em um caso definido de colite, favorece fortemente a doença de Crohn sobre a colite ulcerativa.

Na colite ulcerativa é característico o envolvimento inflamatório superficial, abscessos de cripta, diminuição do muco intracitoplasmático, preservação da arquitetura das criptas, atrofia, metaplasia de células de Paneth, formação de pseudopólipos e em algumas vezes transformação vilosa da mucosa remanescente.

Uma das principais complicações tardias da colite ulcerativa é o desenvolvimento de neoplasia. Entre os fatores de risco para o surgimento de displasia que precede o desenvolvimento da neoplasia estão doença rapidamente evolutiva, envolvimento predominante do cólon esquerdo, gravidade maior da inflamação ativa e a concomitância com colangite esclerosante.

Diversos genes associados à doença inflamatória intestinal idiopática sobrepõem-se aos genes envolvidos na resposta às microbactérias. Isso apoia a ideia de que as interações hospedeiro-microbianas são essenciais para a patogenia dessa condição.