Possuem baixo potencial fermentativo, com consequente produção de ácidos graxos de cadeia longa.

Devido à pouca fermentação apresentada, aumentam o pH do lúmen intestinal, favorecendo o crescimento das bactérias benéficas.

Para ser caracterizada como prebiótico, a substância deve ser hidrolisada e absorvida na parte superior do trato gastrointestinal (boca, estômago e intestino delgado), chegando à região do cólon já modificada, de forma a cumprir satisfatoriamente essa função de prebiótico.

Por aumentar a microflora intestinal benéfica, os prebióticos ajudam a aumentar a tolerância à glicose e a neutralizar toxinas, funcionando como fator antitumorigênico.

Apesar de estarem enquadrados como fibra alimentar, os frutooligossacarídeos fornecem a mesma quantidade de calorias dos carboidratos simples (4 kcal/grama) .