Em Enterococcus spp. o principal mecanismo de resistência aos β-lactâmicos está relacionado a produção de enzimas específicas que têm a capacidade de alterar a estrutura do antimicrobiano, inativando-o.

O principal mecanismo de resistência aos β-lactâmicos entre Enterobacterales está relacionado a mutações pontuais no cromossomo.

Em Staphylococcus spp., o mecanismo de resistência mais importante para os β-lactâmicos está relacionado com a resistência a oxacilina/meticilina mediada pelo gene mecA, que se traduz em resistência a todos os β-lactâmicos, inclusive às novas cefalosporinas ceftobiprole e ceftarolina. 

A resistência intrínseca é uma característica natural mediada pela presença de um gene específico ou decorrente da composição estrutural. Como exemplo, as bactérias Providencia spp e Proteus mirabilis são intrinsecamente resistentes às polimixinas B.