Seu maior fator causal, o H. pylori, tem um longo período latente de infecção subclínica, durante o qual causa inflamação e dano da mucosa. A presença do H. pylori no estômago está sempre associada com lesão tecidual e achados histológicos de gastrite crônica ativa. 

Tipicamente, embora presente no antro e no corpo, o H. pylori é mais comumente encontrado no corpo gástrico onde encontra as condições ideais para sua sobrevivência.

Algumas outras doenças gástricas, tais como pólipos ou tumores neuroendócrinos tipo I (carcinoides), não estão comumente associados à gastrite crônica.

Os tumores neuroendócrinos tipo I (NET-I, carcinoides) são grandes, multifocais, ocorrendo na gastrite crônica com metaplasia intestinal completa, atrofia severa do antro, e estão relacionados com a hipercloridria causada pela atrofia total da mucosa do antro.