O IPM é instaurado sempre mediante portaria de ofício, tendo em vista a formalidade inerente ao procedimento.

Não é atribuição de Juiz-Auditor requisitar a instauração do IPM, uma vez que esta não é uma atividade jurisdicional e, sim, investigatória, afeta ao Ministério Público e às autoridades administrativas com poder de polícia judiciária. 

Se a infração penal objeto do IPM não for, evidentemente, de natureza militar, comunicar-se-á o fato à autoridade policial competente, a quem fará apresentar o infrator. Em se tratando de civil menor de dezoito anos, a apresentação será feita ao Ministério Público Militar, titular da ação penal, para a tomada das providências cabíveis. 

Se o infrator for oficial general, será sempre comunicado o fato ao ministro ou ao chefe de Estado-Maior competentes, obedecidos os trâmites regulamentares.

A designação de escrivão para o IPM caberá ao respectivo encarregado, se não tiver sido feita pela autoridade que lhe deu delegação para aquele fim, recaindo em sargento, subtenente ou suboficial, se o indiciado for oficial.