A bióloga Lynn Margulis publicou um polêmico artigo em 1967 propondo que algumas organelas das células eucarióticas poderiam ser o resultado de eventos de endossimbiose, no qual bactérias passaram a viver em simbiose dentro de células eucarióticas até serem completamente incorporadas a elas. A hipótese de Margulis sofreu muita oposição, até que evidências experimentais mostraram que algumas organelas de fato possuíam muitas similaridades com bactérias. Entre as evidências de endossimbiose, podemos citar: