As tropas portuguesas, partidárias do governo de Lisboa, chegaram a tomar de assalto o convento da Lapa na Bahia, assassinando a madre superiora. O confronto de Salvador deixou como legado a única mártir da independência, madre Joana Angélica.

Para derrotar os focos rebeldes, o imperador interveio militarmente nas províncias. A chamada Guerra de Independência ocorreu em meio a grandes dificuldades pela falta de um exército organizado. A vitória de D. Pedro só foi possível graças às milícias populares e às forças navais, sob o comando de experientes militares brasileiros.

Após a independência, algumas províncias se recusaram a reconhecer a autoridade de D. Pedro I e aceitá-lo como imperador. Eram províncias onde havia um grande número de portugueses, que optaram por permanecer fiéis a Portugal.

A guerra de independência na Bahia teve a atuação destacada da jovem Maria Quitéria de Jesus, heroína militar brasileira. Maria Quitéria alistouse nas tropas brasileiras que lutavam pela independência na Bahia. Pela intrepidez com que lutou foi condecorada pessoalmente por D. Pedro I.

Para afirmar sua autoridade como imperador de todo o Brasil, D. Pedro teve de enviar para as províncias rebeldes forças de terra e mar, contando com a participação de militares de outros países.