São isentas do pagamento da TCFA as entidades públicas federais, distritais, estaduais e municipais, as entidades filantrópicas, aqueles que praticam agricultura de subsistência e as populações tradicionais. 

As ações de licenciamento, registro, autorizações, concessões e permissões relacionadas à fauna, à flora e ao controle ambiental são de competência exclusiva da TCFA. 

A restituição, administrativa ou judicial, qualquer que seja a causa que a determine, da taxa de fiscalização ambiental estadual ou distrital, compensada com a TCFA, restaura o direito de crédito do IBAMA contra o estabelecimento, relativamente ao valor compensado.

Os recursos arrecadados com a TCFA terão utilização restrita em atividades de controle e fiscalização ambiental. 

A TCFA é devida por estabelecimento e os seus valores são os fixados no Anexo IX, da Lei n.º 6.938/1981.