A participação dos proprietários de equídeos, por meio da compreensão e cumprimento das normas sanitárias e do correto manejo dos animais, é fundamental para a efetivação dos propósitos do programa. 

Tem como estratégia principal a implantação progressiva e manutenção de zonas livres da febre aftosa, de acordo com as diretrizes estabelecidas pela Organização Mundial de Saúde Animal (OIE). 

Para certificação de propriedade monitorada pelo programa, os testes para brucelose e tuberculose são aplicados apenas em machos reprodutores, de acordo com o estabelecido no regulamento técnico do PNCEBT. 

Tem como objetivo reduzir a prevalência e a incidência de novos focos de brucelose e de tuberculose bovina e bubalina; e criar um número significativo de propriedades certificadas como livres ou monitoradas que ofereçam ao consumidor produtos de baixo risco sanitário. 

Tem evoluído de forma crescente, buscando amparar a cadeia produtiva avícola que tem como principal característica a tecnificação e organização, não sendo por acaso que o Brasil é o terceiro maior produtor e o maior exportador de carne do mundo.