Um dos sistemas de apoio utilizados pelo SINAN é o sistema e-SUS Notifica, que recebe notificações de suspeitas e confirmações de síndrome gripal (SG) e de covid-19 no Brasil. 

No SINAN, são reunidas informações acerca das notificações e investigações de doenças e agravos que compõem a Lista Nacional de Notificação Compulsória, sendo vedada aos estados e municípios a inclusão de problemas de saúde não constantes dessa relação. 

Os dados que alimentam o SINAN são obtidos exclusivamente pelas Fichas Individuais de Notificação (FIN) e pelas Fichas Individuais de Investigação (FII). 

Quando há suspeita de ocorrência de problema de saúde de notificação compulsória, as unidades assistenciais devem preencher a Ficha Individual de Notificação e encaminhá-la ao setor responsável pela vigilância epidemiológica das respectivas secretarias municipais. 

A legislação estabelece que compete apenas a profissionais de saúde com formação de nível superior notificar à autoridade sanitária a ocorrência de doença ou agravo de notificação compulsória.