fiscalização do Poder Judiciário, nos aspectos ligados à legalidade de suas atividades meio e fim, pelo princípio da inafastabilidade do controle jurisdicional, mas não se submete a outros órgãos de controle, como o Tribunal de Contas da União e o Ministério Público Federal (MPF);

atuação do Ministério Público Federal (MPF) e, em caso de ilegalidade de despesa ou irregularidade de contas no âmbito da CGU, o MPF, após regular processo administrativo, pode aplicar ao gestor responsável as sanções previstas em lei, como multa proporcional ao dano causado ao erário; 

realização, pelo Tribunal de Contas da União, por iniciativa própria, da Câmara dos Deputados, do Senado Federal, de Comissão técnica ou de inquérito, de inspeções e auditorias de natureza contábil, financeira, orçamentária, operacional e patrimonial;

fiscalização do Poder Legislativo, que pode assinar prazo para que a CGU adote as providências necessárias ao exato cumprimento da lei, se verificada ilegalidade, e sustar, se não atendido, a execução do ato impugnado, comunicando a decisão ao Tribunal de Contas da União;

atuação do Poder Executivo, por meio da Advocacia-Geral da União, que fiscaliza a aplicação de quaisquer recursos repassados pela União à CGU mediante convênio, acordo, ajuste ou outros instrumentos congêneres, aplicando as sanções legais aos responsáveis.