A desinfecção com ozônio é indicada sobretudo porque ele persiste em todo o sistema de distribuição de água.

O ozônio oxida os contaminantes da água de forma direta, por meio da reação do O₃, e indireta, com a geração do radical hidroxila, que é um oxidante forte e reativo. 

A radiação ultravioleta é um agente eficiente de desinfecção que atua de forma direta, quebrando as ligações químicas nas biomoléculas de organismos patogênicos e gerando íons e radicais reativos que destroem microrganismos.

O cloro é um desinfetante muito comum para matar bactérias na água. A utilização de hipoclorito é mais segura do que a de gás cloro.

O dióxido de cloro é um desinfetante da água que não produz trialometanos no tratamento da água.