Entre os princípios do Pro-LEEI está a valorização dos saberes e das experiências dos profissionais em formação, o fortalecimento da articulação entre Educação Infantil e Anos Iniciais do Ensino Fundamental, mediante currículo contínuo comprometido com a alfabetização e letramento, a valorização da diversidade e promoção da equidade educacional, incluindo o reconhecimento de repertórios culturais regionais para superação das desigualdades étnico-raciais.

A Portaria n.º 85/2025 determina que a operacionalização do Pro-LEEI, nos estados, deve ser conduzida pelas Secretarias Estaduais de Educação de forma autônoma, sem a participação das Instituições Federais de Ensino Superior, para preservar a autonomia dos entes federados na condução das políticas de formação continuada. 

O Pro-LEEI é, exclusivamente, financiado e operacionalizado pelo Ministério da Educação, sem participação de Instituições Federais de Ensino Superior, (IFES), estados ou municípios, pois sua natureza centralizada garante maior homogeneidade e controle de qualidade das ações formativas em todo o Território Nacional. 

O Pro-LEEI destina-se, prioritariamente, à formação de gestores municipais de educação, secretários, diretores e coordenadores pedagógicos, não diretamente aos professores da Educação Infantil, por entender que a qualidade da pré-escola depende, fundamentalmente, da capacidade de gestão dos sistemas municipais.