Uma boa amostra de escarro é a obtida após esforço de tosse, e não a que se obtém da faringe ou por aspiração de secreções nasais, mas a que contém somente saliva.

As amostras devem ser coletadas em local aberto, de preferência ao ar livre ou em locais que apresentem condições adequadas de biossegurança.

O diagnóstico deve ser feito preferencialmente a partir de uma amostra de escarro. 

Se o profissional achar necessário, pode-se realizar a coleta de duas amostras, sendo a primeira coletada no momento da consulta, para aproveitar a presença do doente. Recomenda-se a coleta da segunda amostra no dia seguinte, preferencialmente ao despertar.

A coleta em qualquer horário do dia geralmente é de melhor qualidade, porque provém das secreções acumuladas na árvore brônquica durante o período.