O SINAES será desenvolvido em cooperação com os sistemas de ensino dos Estados, municípios e do Distrito Federal.

O objetivo do SINAES é assegurar o processo nacional de avaliação dos cursos de graduação e do desempenho acadêmico de seus estudantes, ficando a avaliação das instituições de educação superior a cargo de cada instituição como garantia do respeito à identidade e à diversidade e ao princípio de autonomia institucional. 

O processo de avaliação dos cursos de graduação deve incluir visitas por comissões de especialistas das respectivas áreas do conhecimento, tendo por objetivo identificar as condições de ensino oferecidas aos estudantes.

É atribuição do SINAES estabelecer diretrizes para organização e designação de comissões de avaliação, analisar relatórios, elaborar pareceres e encaminhar recomendações às instâncias competentes.

O Exame Nacional de Desempenho dos Estudantes – ENADE, como forma de avaliação do desempenho dos estudantes, deve ser aplicado a todos os alunos matriculados no último ano dos cursos de graduação, admitida a periodicidade máxima de três anos para sua aplicação em cada curso de graduação.