O registro de agrotóxicos envolve a avaliação técnica dos órgãos federais competentes nas áreas de agricultura, saúde e meio ambiente, observadas as suas atribuições legais.

O registro de agrotóxicos é realizado pelo órgão federal responsável pela agricultura, com decisão vinculada à avaliação de risco realizada exclusivamente no âmbito agronômico, admitindo-se a dispensa de análise pelos órgãos federais de saúde e meio ambiente quando o produto se enquadrar em categoria de uso consolidado no país.

O registro de agrotóxicos pode ser concedido por órgão estadual ou distrital, desde que atendidos os critérios técnicos definidos em normas complementares federais.

O registro de agrotóxicos tem como fundamento principal a análise de eficiência agronômica, sendo a avaliação de risco à saúde e ao meio ambiente realizada em etapa posterior à autorização de uso.

O órgão federal de meio ambiente atua na etapa de fiscalização e controle pós-registro, sem participação na avaliação do risco ambiental para fins de registro do produto.