A programação consiste num conjunto de procedimentos pelos quais se efetiva o processo de compra dos medicamentos com o objetivo de suprir as unidades de saúde em quantidade, qualidade e menor custo/efetividade, visando manter a regularidade e funcionamento do sistema. 

Existem diversos métodos para programar medicamentos. Recomenda-se utilizar a combinação de diversos métodos, para que se consiga uma programação com melhores resultados. Por exemplo, o Perfil Epidemiológico baseia-se, fundamentalmente, no perfil nosológico e nos dados de morbimortalidade.

A programação tem por objetivo a garantia da disponibilidade dos medicamentos previamente selecionados nas quantidades adequadas e no tempo oportuno para atender às necessidades de uma população, por meio de um serviço ou de uma rede de serviços de saúde, considerando-se determinado período de tempo.

Para se efetuar uma programação de medicamentos que possibilite garantir quantidade e qualidade para uma terapêutica racional, deve-se conhecer o perfil epidemiológico local (dados de morbimortalidade), assim como a estrutura organizacional da rede de saúde local (níveis de atenção à saúde, oferta e demanda dos serviços, cobertura assistencial, infraestrutura e capacidade instalada).