O processamento de grandes volumes de dados
genômicos depende de algoritmos de alinhamento de
sequências. Sobre ferramentas de análise bioinformática,
assinale a alternativa CORRETA.

Question

O processamento de grandes volumes de dados
genômicos depende de algoritmos de alinhamento de
sequências. Sobre ferramentas de análise bioinformática,
assinale a alternativa CORRETA. Alternativa A: O BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)
realiza alinhamentos globais exaustivos, sendo mais
lento que o algoritmo de Needleman-Wunsch.  Ou Alternativa B: A matriz BLOSUM62 (Blocks Substitution Matrix) é
otimizada para comparar sequências de aminoácidos
com alta identidade evolutiva. Ou Alternativa C: O algoritmo de Smith-Waterman é utilizado para
alinhamentos locais, buscando as regiões de maior
similaridade entre duas sequências. Ou Alternativa D: O alinhamento múltiplo de sequências pelo ClustalW
utiliza uma abordagem de busca heurística baseada
puramente em cadeias de Markov.

Qconcursos · Accepted Answer

Alternativa [C] O algoritmo de Smith-Waterman é utilizado para
alinhamentos locais, buscando as regiões de maior
similaridade entre duas sequências. Gabarito: CFundamento decisivo: A questão exige distinguir alinhamento local, global e métodos heurísticos. O ponto decisivo da BASE DE DECISÃO MÉDICA é que Smith-Waterman realiza alinhamento local e busca regiões de maior similaridade entre duas sequências, o que valida a alternativa C e exclui as demais descrições incorretas.Tema central: Alinhamento de sequênciasAnálise das alternativasAErradaEstá errada porque atribui ao BLAST características que pertencem a outra classe de método. BLAST é ferramenta heurística de busca rápida de similaridade, tipicamente associada a alinhamentos locais, e não um algoritmo de alinhamento global exaustivo. Já o Needleman-Wunsch é o algoritmo clássico de alinhamento global por programação dinâmica. O erro decisivo é trocar BLAST = heurístico/local por Needleman-Wunsch = global.BErradaEstá errada porque caracteriza a BLOSUM62 como se fosse especificamente otimizada para sequências com alta identidade evolutiva, o que não é sustentado pela base. A BLOSUM62 é uma matriz de substituição amplamente usada para proteínas e é mais compatível com comparações de similaridade intermediária do que com a ideia de alta identidade especificamente. O critério de exclusão aqui é a interpretação correta do significado biológico da matriz BLOSUM62.CCertaA alternativa C está correta porque descreve exatamente a função do Smith-Waterman: encontrar o melhor alinhamento local entre duas sequências, isto é, os trechos com maior similaridade, sem exigir comparação ponta a ponta. Esse é o ponto técnico central da questão e diferencia esse algoritmo dos métodos globais e das ferramentas heurísticas citadas nas demais opções.DErradaEstá errada porque o ClustalW não utiliza uma abordagem baseada puramente em cadeias de Markov. Pela base, ele realiza alinhamento múltiplo por estratégia progressiva e heurística, combinando alinhamentos pareados iniciais, matriz de distâncias e árvore-guia. O erro é confundir um método progressivo de alinhamento múltiplo com um modelo probabilístico puramente markoviano.Pegadinha da questãoA banca explorou a troca entre alinhamento global e local e, secundariamente, a tendência de tratar BLAST como método exaustivo por ser muito usado.Dica para questões semelhantesAssocie diretamente os nomes clássicos: Needleman-Wunsch = global; Smith-Waterman = local; BLAST = heurístico para busca local.Quando a alternativa usar termos como exaustivo, heurístico, local ou global, confira se a classificação metodológica do algoritmo está correta antes de analisar o restante.Em matrizes BLOSUM, evite assumir que a mais conhecida seja específica para alta identidade evolutiva; a banca costuma testar justamente essa simplificação indevida.

O processamento de grandes volumes de dados genômicos depen...

Gabarito comentado

Gabarito: C

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