Na Central de Custódia, a entrada e a saída de vestígio deverão ser protocoladas, consignando-se informações sobre a ocorrência no Inquérito que a eles se relacionam.

Toda Central de Custódia deve possuir os serviços de Protocolo, com local para conferência, recepção, devolução de materiais e documentos, possibilitando a seleção, a classificação e a distribuição de materiais, devendo ser um espaço seguro e apresentar condições ambientais que não interfiram nas características do vestígio.

Após a realização da perícia, o material deverá ser devolvido, em qualquer hipótese, para o órgão requisitante da perícia. 

Por ocasião da tramitação do vestígio armazenado, todas as ações deverão ser registradas, consignando-se a identificação do responsável pela tramitação, a destinação, a data e horário da ação.

A Gestão da Central de Custódia deve ser vinculada diretamente ao órgão central de perícia oficial de natureza criminal.