Os principais sinais e sintomas neurológicos do botulismo alimentar são visão turva, ptose palpebral, diplopia, disfagia, disartria e boca seca.  

O botulismo intestinal resulta da ingestão de esporos presentes no alimento, que em condições de anaerobiose assume a forma vegetativa e produz toxina in vivo. 

Quando ocorre a ingestão de esporos ou a contaminação de ferimentos, o período de incubação é menor, porque a doença só se inicia após a transformação do C. botulinum da forma vegetativa para a esporulada, que se multiplica e libera toxina.

Em crianças de zero a cinco anos, suspeita-se de botulismo intestinal na ausência de fontes prováveis de toxina botulínica, tais como alimentos contaminados, ferimentos ou uso de drogas.

O botulismo por ferimentos é ocasionado pela contaminação de ferimentos com C. botulinum, seguida da fixação e multiplicação do agente no ambiente intestinal, onde ocorre a produção e absorção de toxina.