O confronto entre índios e europeus transferiu-se do plano físico para o terreno religioso e cultural. A Igreja atuou na domesticação dos silvícolas, combatendo suas crenças e costumes para obter sua incorporação ao trabalho.

Do choque cultural entre as civilizações indígenas e a europeia e como parte dos mecanismos de dominação, ficou gravada a noção de que o índio é “indolente”, “imprestável” e incapaz de se integrar à cultura do branco.

Com a chegada dos Jesuítas ao Brasil, a integração entre índios e brancos começou a ocorrer de maneira pacífica, prova disso foi a fundação da Vila de São Paulo de Piratininga, onde padres Jesuítas liderados por José de Anchieta e Manoel da Nóbrega – juntaram índios de diversas etnias e fundaram uma vila próspera, onde índios e brancos viviam em paz.  

A chegada dos colonizadores portugueses rompeu com hábitos ancestrais de sobrevivência dos povos indígenas baseados na caça, na coleta e na pesca, com seus costumes e crenças religiosas.