Na doença celíaca descompensada, a resposta imune e inflamatória pode resultar em hipertrofia das vilosidades, resultando em alterações na digestão dos dissacarídeos e oligopeptídeos.

A intolerância à lactose é causada pela deficiência de lactase, resultando na má digestão da lactose; dessa forma, a dietoterapia objetiva a eliminação do consumo de lactose, por meio da exclusão de leite e seus derivados. 

A doença de Crohn pode envolver qualquer parte do sistema digestório, sendo o processo patológico contínuo; enquanto a retocolite ulcerativa envolve o intestino grosso e o reto, e os segmentos de intestino inflamado podem ser separados por segmentos saudáveis.

Na doença inflamatória intestinal, os requerimentos de proteínas podem aumentar, pois a inflamação induz um balanço nitrogenado negativo e causa perda de massa muscular e de proteínas da mucosa intestinal inflamada e ulcerada.