Após a dispensação, a responsabilidade acerca da qualidade físico-química e microbiológica de produtos magistrais e oficinais não cabe mais à farmácia de manipulação, ainda que cumpridas as recomendações de armazenamento.

A manipulação de formas farmacêuticas sólidas, líquidas e semissólidas e as atividades de controle de qualidade devem ser realizadas no mesmo ambiente, para otimizar o tempo e evitar a troca de resultados.

Matérias-primas sujeitas a controle especial devem ser armazenadas sem a denominação do produto e especificação do prazo de validade, para minimizar os riscos de desvios de material que venha a burlar o controle de estoque do produto.

Devem existir procedimentos operacionais escritos para manipulação das diferentes formas farmacêuticas preparadas na farmácia, assim como também devem existir procedimentos operacionais escritos para a prevenção de contaminação cruzada.

É vetado à farmácia manter estoque mínimo de bases galênicas e de preparações oficinais constantes do Formulário Nacional, para evitar a descaracterização desses estabelecimentos, que visam à personalização das fórmulas manipuladas.