A farmácia é classificada em 6 grupos de atividades estabelecidos de acordo com a complexidade do processo de manipulação e das características dos insumos utilizados, sendo a manipulação de substâncias de baixo índice terapêutico pertencente ao grupo I e a manipulação de produtos estéreis pertencente ao grupo II.

Sempre que necessário, justificada tecnicamente a necessidade da manipulação, poderá a farmácia ser contratada para o atendimento de preparações magistrais e oficinais requeridas por estabelecimentos hospitalares e congêneres.

Os critérios para a avaliação da qualidade do medicamento manipulado contidos no Roteiro de Inspeção baseiam-se no risco potencial inerente a cada item, sendo que um item RECOMENDÁVEL (R) não cumprido após a primeira inspeção passa a ser tratado automaticamente como IMPRESCINDÍVEL (I) na inspeção subsequente.

É facultado à farmácia centralizar, em um de seus estabelecimentos, as atividades do controle de qualidade, sem prejuízo dos controles em processo necessários para avaliação das preparações manipuladas.

Cada lote da matéria-prima deve ser acompanhado do respectivo Certificado de Análise do fornecedor, que deve permanecer arquivado, no mínimo, durante um ano após o término do prazo de validade do último produto com ela manipulado.