Os órgãos e as unidades do SCI, ao constatarem, durante o desempenho do seu trabalho, indícios de irregularidades, devem comunicar o ministro supervisor da unidade gestora ou entidade, bem como os respectivos órgãos de controle interno e externo dos entes recebedores, para que sejam tomadas as providências de sua competência.

A fiscalização realizada pelo SCI restringe-se aos aspectos de legalidade estrita dos atos, sendo vedada a avaliação da economicidade ou do atingimento de metas previstas no plano plurianual.

No caso de entidade integrante da administração pública federal indireta vinculada a ministério de Estado, a unidade de auditoria interna será subordinada diretamente ao dirigente máximo da entidade, independentemente da existência de conselho de administração.

As unidades de auditoria interna das entidades da administração indireta vinculam-se, administrativamente e de forma direta, ao órgão central do SCI, independentemente da estrutura de sua entidade de origem.

Compete ao órgão central do SCI exercer a supervisão técnica direta das atividades de contabilidade pública da União, registrando os atos e fatos relacionados com a sua administração orçamentária, financeira e patrimonial.