O controle jurisdicional limita-se, em regra, aos aspectos de legalidade e legitimidade do ato administrativo, sendo vedada ao Poder Judiciário a análise do mérito administrativo, sob pena de violação ao princípio da separação dos Poderes.

Nas ações que visam ao controle de atos administrativos, a sentença judicial que anula um ato ilegal possui natureza constitutiva, criando uma nova situação jurídica que desfaz o ato desde o momento da decisão judicial (ex nunc).

A existência de processo administrativo em curso, com instrução probatória em fase final, impede o cidadão de provocar o Poder Judiciário, devido à obrigatoriedade constitucional do exaurimento da via administrativa.

O Poder Judiciário, no exercício do controle jurisdicional, pode substituir a vontade da administração pública em qualquer situação, anulando ou revogando atos administrativos.

O mérito administrativo, compreendido como a esfera de liberdade de escolha do administrador, pautada pela conveniência e oportunidade, é passível de controle judicial pleno, podendo o magistrado anular o ato caso discorde da escolha feita pelo gestor.