Na atenção primária à saúde, para que o PEF atue com segurança, é fundamental e obrigatório possuir o encaminhamento médico (por escrito) da liberação do beneficiário para a prática regular do exercício físico.

O PEF deve pedir à equipe de enfermagem da unidade básica de saúde onde atua que façam aferição da pressão arterial, pelo menos daqueles que apresentam hipertensão arterial sistêmica (prevenção secundária), no início de cada sessão, durante e após os exercícios aeróbios, para que sejam registrados em prontuário de acompanhamento.

Por ter atuação profissional na intervenção primária, o profissional de educação física atuará avaliando o estado funcional e morfológico dos beneficiários, estratificando e diagnosticando fatores de risco à saúde, prescrevendo, orientando e acompanhando exercícios físicos apenas para grupos de portadores de doenças e agravos, atuando diretamente no tratamento não farmacológico e intervindo nos fatores de riscо.

A prescrição de exercícios físicos para pessoas com doenças crônicas é uma intervenção primária na atenção básica à saúde.

Na atenção terciária à saúde, o PEF poderá atuar em diferentes ambientes, como hospitais (fase II da reabilitação cardíaca), clínicas para programa de exercício físico supervisionado (fase III da reabilitação cardíaca) ou mesmo na residência do beneficiário, para atendimento individualizado.