No SEI 4.0, documentos externos recebidos em formato digital não podem ser incorporados aos processos, devendo permanecer armazenados em sistemas paralelos.

O SEI 4.0 permite a tramitação eletrônica de processos e documentos, assegurando integridade, autenticidade e rastreabilidade dos atos administrativos realizados no sistema.

No SEI 4.0, a assinatura de documentos ocorre exclusivamente por meio de assinatura eletrônica qualificada, baseada em certificado digital ICP-Brasil (Infraestrutura de Chaves Públicas Brasileira), não sendo prevista pelo sistema a utilização de assinaturas eletrônicas simples ou avançadas para validação de documentos administrativos.

O SEI 4.0 substitui integralmente os sistemas de protocolo físico e elimina a necessidade de controle de acesso aos processos, uma vez que todos os usuários possuem as mesmas permissões.