O regime especial das agências reguladoras é caracterizado por maior autonomia em relação à administração direta, manifestada, entre outros aspectos, pela existência de mandato fixo para seus dirigentes.  

A qualificação como autarquia especial transforma a entidade em pessoa jurídica de direito privado, permitindo-lhe maior flexibilidade para contratar e administrar seu patrimônio. 

A descentralização administrativa mediante criação de entidade da administração indireta implica transferência da titularidade da competência administrativa, de modo que o ente federativo deixa de exercer controle sobre a entidade descentralizada.

A relação jurídica existente entre o ministério supervisor e uma empresa pública a ele vinculada é de subordinação hierárquica e controle estrito.  

A condição de autarquia especial impede que as agências reguladoras estejam sujeitas ao controle externo exercido pelos órgãos constitucionalmente competentes.