As atividades do PNME podem acontecer dentro da escola, em ambiente próprio, ou em espaços cedidos pela comunidade.

As turmas de acompanhamento pedagógico devem ser compostas por no máximo 18 estudantes.

A escola, de modo regular, deve agrupar e reagrupar os estudantes, para atendimento das diferentes necessidades pedagógicas e diferentes procedimentos metodológicos para que as aprendizagens sejam construídas, também, na interação com o outro.

Ao implantar a carga horária do PNME, a escola pode fazer opção pela ampliação da carga horária em 05 ou em 10 horas semanais, dependendo da quantidade de alunos matriculados para o acompanhamento pedagógico.

O PNME prevê a organização de turmas para o acompanhamento pedagógico prioritário de Matemática e de Ciências, bem como para oferta de atividades de lazer e de entretenimento.