Apesar da intenção da Constituição de harmonizar os diversos instrumentos de planejamento, alguns autores citam algumas inconsistências entre eles (LOAS, LDO e PPA). Afirma-se haver falta de consonância, compatibilidade e integração entre o PPA, a LDO e a LOA. Entre as principais inconsistências, pode-se mencionar as abaixo, exceto: