O despejo de esgoto ou efluente doméstico nos rios urbanos de cidades pequenas impacta negativamente a qualidade da água, inclusive pode ocasionar uma eutrofização, mas a capacidade de autodepuração do rio é um mecanismo natural resiliente que pode rapidamente restaurar totalmente o ambiente lótico ao que era.

As macrófitas nos lagos Bolonha e Água Preta do Parque Estadual do Utinga evidenciam a eutrofização da água nos mananciais que fornecem água para a ETA que atende parte de Belém. Apesar de impedirem que a luz penetre no espelho d’água e alcance as algas, as macrófitas também realizam fotossíntese e produzem oxigênio e não o consomem, impactando positivamente na qualidade da água.

Nos últimos anos, na região do rio Tapajós, em Santarém-PA, ocorreram algumas florações de algas e cianobactérias, o que geralmente é um fenômeno natural. De tal forma, o desmatamento, principalmente da mata ciliar, o aumento da urbanização desordenada e do agronegócio podem favorecer a eutrofização ao aportar nutrientes para os rios, mas o impacto para causar a floração de algas será nulo. 

O aumento do desmatamento na Amazônia está direta e indiretamente relacionado à qualidade da água na região. Por exemplo, os rios voadores que são resultantes da evapotranspiração da floresta. Portanto, a totalidade do impacto do desmatamento na piora da qualidade da água será relacionado à diminuição das chuvas que recarregam os rios locais.

A mineração de bauxita é um exemplo de atividade que, mesmo sem uso de mercúrio no processo industrial, pode remobilizar metais como o mercúrio e o alumínio, naturalmente presentes no solo, devido ao revolvimento e destorroamento do material. Uma vez que o solo esteja mais exposto ao intemperismo e ao escoamento superficial que pode carrear silte e argila para os rios.