As infecções orofaciais agudas são polimicrobianas, com equivalência no percentual de microrganismos aeróbios e anaeróbios. 

As infecções orofaciais agudas são dominadas por microrganismo aeróbios e, em casos de pacientes com imunossupressão importante, podem ser contaminadas por microrganismos provenientes principalmente da faringe, seios faciais e trato gastrintestinal. 

A causa microbiana do abscesso periodontal é diferente da periodontite em adultos e, por essa razão, o tratamento envolve terapia antimicrobiana diferenciada. 

As causas microbianas para a periodontite crônica, periodontite refratária e peri-implantite (e processos inflamatórios nos tecidos ao redor do implante osteointegrado, que resultam na perda do suporte ósseo) são impressionantemente similares.

Raramente, os microrganismos orais podem atravessar vias anatômicas e atingir o mediastino. Nesse caso, a flora microbiana é muito específica e restrita.