Para se entender a Terapia Craniossacral, uma hipótese é a de que os ossos cranianos estão conectados por articulações que são móveis até certo período da vida, e estas podem voltar a ter mobilidade e facilitar a circulação do líquido encefalorraquidiano. 

As duas teorias que fundamentam a Terapia Craniossacral são: a teoria do mecanismo receptor de estiramento e a teoria do corpo de granulação da dura-máter.

Na Terapia Craniossacral, os ossos do crânio e do sacro são utilizados como alavancas ósseas para acessar a dura-máter subjacente e liberar quaisquer restrições existentes no organismo. 

Segundo o Dr. Upledger, e seus colaboradores: qualquer fisioterapeuta com conhecimento de anatomia humana pode tranquilamente aplicar a Terapia Craniossacral. 

O sistema de fáscias é visto como um sistema de unidade global, conectado anatomicamente ao sistema meníngeo, porém não exerce ligação direta sobre ele.