A Agência tem por finalidade institucional promover a proteção da saúde da população, por intermédio do controle sanitário da produção e da comercialização de produtos e serviços submetidos à vigilância sanitária, mas isso não inclui os ambientes, os processos, os insumos e nem mesmo as tecnologias a eles relacionados. 

Incumbe à Agência, respeitada a legislação em vigor, regulamentar, controlar e fiscalizar os produtos e serviços que envolvam risco à saúde pública.

A Agência é proibida de interditar, como medida de vigilância sanitária, os locais de fabricação, controle, importação, armazenamento, distribuição e venda de produtos e de prestação de serviços relativos à saúde, mesmo que haja violação da legislação pertinente ou de risco iminente à saúde; 

É permitido, e estimulado, à Agência contratar toda e qualquer pessoa com vínculo empregatício ou contratual junto a entidades sujeitas à ação da Vigilância Sanitária, sob qualquer circunstância. 

Não é permitido à Agência, em nenhuma hipótese, estabelecer normas, propor, acompanhar e nem executar as políticas, as diretrizes e as ações de vigilância sanitária.