O tema preservação ambiental já vem sendo debatido no Incra há algum tempo. A Portaria n° 88 do Ministério Extraordinário de Política Fundiária, de 6 de outubro de 1999, já determinava a proibição de desapropriação ou qualquer outra forma de aquisição para fins de reforma agrária, de imóveis rurais em áreas com cobertura florestal primária incidentes nos ecossistemas da Floresta Amazônica, da Mata Atlântica e do Pantanal Matogrossense, e em outras áreas protegidas, assim definidas pelos órgãos ambientais federais e estaduais.

Cabe ao Estado dedicar-se à reconstituição ambiental, seja de forma direta, seja obrigando os causadores de determinada degradação a recompor o ambiente, assegurando assim o princípio da reparação, bem como fazer garantir o princípio do desenvolvimento sustentável.

O Incra é obrigado a arcar com o ônus do passivo ambiental causado pelo expropriado e o valor correspondente à reparação do dano no valor de indenização do imóvel deve ser a forma do Estado assegurar que prevaleça o princípio da reparação.

O princípio do poluidor pagador, expresso na Declaração da Rio/92, prega que Estados e organizações devem desenvolver institutos econômicos destinados a obrigar os usuários dos recursos naturais a arcarem com as despesas pela manutenção desses recursos e, da mesma maneira, os poluidores, devem criar mecanismos jurídicos contábeis de internalização dos custos ambientais.

O não desconto do passivo ambiental nas indenizações das desapropriações de imóveis rurais para fins de reforma agrária, ao invés de beneficiar a coletividade, que é o pressuposto do princípio da supremacia do interesse público na proteção do meio ambiente em relação aos interesses privados, só favorece o causador do dano, transferindo para a coletividade, de forma indireta, a responsabilidade pela recomposição do passivo.