Nos estados e municípios, as funções de controle, regulação e avaliação devem ser independentes dos processos de planejamento, programação e alocação de recursos em saúde, tendo em vista sua importância. 

Os estados deverão elaborar e implantar os planos de controle, regulação e avaliação, que consistem no planejamento do conjunto de estratégias e instrumentos a serem empregados para o fortalecimento da capacidade de gestão estadual e municipal. 

As atribuições de controle, regulação e avaliação são definidas conforme as determinações do Ministério da Saúde.  

Todos os níveis de governo devem avaliar o funcionamento do sistema de saúde no que diz respeito ao desempenho nos processos de gestão, formas de organização e modelo de atenção.

A partir da publicação desta Norma os munícipios puderam habilitar-se em três condições: gestão incipiente da atenção básica, gestão plena da atenção básica e gestão plena do sistema.