Pielonefrite xantogranulomatosa (PNX) é uma variante incomum que parece representar uma resposta inflamatória anormal à infecção. 

Suspeita-se de pielonefrite crônica em pacientes com história de infecções do trato urinário reincidentes e pielonefrite aguda.

As características da pielonefrite aguda (geralmente com refluxo ou obstrução) nos exames de imagem são a presença de escaras corticais grandes, profundas, difusas, que costumam se estender para um ou mais cálices renais. O polo superior é o local menos comum.

Para pielonefrite xantogranulomatosa, deve-se administrar um tratamento inicial de antibióticos para controlar a infecção local, seguido de nefrectomia em bloco e remoção de todo o tecido envolvido.

O refluxo de urina infectada na pelve renal é o mecanismo habitual. As causas incluem uropqtiqs obstrutivas, cálculos de estruvita e, de modo mais comum, refluxo vesicoureteral (RVU).