A execução financeira dos programas do PPA pode apresentar um descompasso entre o desempenho de metas físicas e a execução orçamentária e financeira. Em geral, a apresentação de resultados inferiores de metas físicas, em relação à execução financeira, pode decorrer de deficiência no planejamento, dificuldades na condução de licitações ou na celebração de convênios e contratos, pendências ambientais e efeitos do contingenciamento orçamentário sobre a programação das despesas.