A chamada “Questão religiosa”, correntemente associada à crise do poder imperial no Brasil, tem como mote a condenação à prisão dos bispos de Pernambuco e do Pará, que haviam encerrado irmandades que acolhiam maçons na Igreja católica, conforme orientação do papa Pio IX. Instalada a crise, ela foi resolvida com a soltura dos bispos e a revogação de sua condenação. Mas, no fim, quem ganhou esta disputa entre os poderes temporal e espiritual? Alguns autores, como Kátia Mattoso (Bahia, século XIX: uma província no Império. Rio de Janeiro: Nova Fronteira, 1992), defendem a tese de que ambos os lados perderam nesta “questão”, argumentando que: