É de fundamental importância manter uma atenção diária em relação à desinfecção do laboratório de Microbiologia. Esta visa eliminar qualquer interferência externa que possa influir na qualidade dos trabalhos desenvolvidos, assim como proteger o pessoal envolvido de qualquer contaminação ambiental.

O chão deve ser esfregado todos os dias, com pano molhado em um desinfetante.

As alças e as agulhas inoculadas, após o uso, devem ser esterilizadas à chama. O autoclave, que é um equipamento usado nas atividades rotineiras do laboratório, deve ser inspecionado e verificado quanto à eficiência de esterilização apenas mensalmente.

Soluções químicas devem ser pipetadas com auxiliar de pipetagem (como a pêra de borracha) e as pipetas químicas devem estar separadas das microbiológicas