É atribuição exclusiva dos tribunais de contas dos estados, no exercício da sua função de controle externo, fiscalizar a aplicação de quaisquer recursos repassados pela União mediante convênio, acordo, ajuste ou outros instrumentos congêneres, ao estado, ao Distrito Federal ou ao município. 

As auditorias a cargo dos órgãos setoriais que precisem ser executadas de forma descentralizada nos estados, incluindo a execução de convênios, acordos e contratos, poderão ser realizadas pela Secretaria Federal de Controle Interno. 

Os órgãos setoriais, as unidades de controle interno dos estados da federação e as unidades de controle interno da União integram o Sistema de Planejamento e de Orçamento Federal. 

Entre as finalidades do Sistema de Planejamento e de Orçamento Federal encontra-se a formulação de planos nacionais, estaduais e regionais de desenvolvimento econômico e social, assim como a articulação com os estados visando à compatibilização de normas e tarefas afins aos diversos sistemas, nos planos federal e estadual. 

Com finalidade de evitar a dupla responsabilidade nas atribuições de auditorias, os recursos financeiros recebidos pelos estados decorrentes da transferência de órgãos e das entidades da administração direta e indireta da União não podem ser registrados nos seus respectivos orçamentos.