Compete ao procurador-geral de justiça ou a seu substituto legal praticar, em nome do MPE/TO, todos os atos próprios de gestão decorrentes de sua autonomia funcional, administrativa e financeira, bem como exercer a representação geral do MPE/TO, judicial e extrajudicialmente. 

O Colégio de Procuradores de Justiça, presidido pelo procurador-geral de justiça, é constituído por todos os  integrantes da carreira em atividade, competindo-lhe, entre outras atribuições, dar posse, em sessão solene, ao procurador-geral de justiça, ao corregedor-geral do MPE/TO, ao coordenador dos centros integrados e aos membros eleitos do Conselho Superior do MPE/TO.

O Conselho Superior do MPE/TO é integrado pelo procurador-geral de justiça, seu presidente, pelo corregedor geral e por mais um quinto dos procuradores de justiça em exercício, eleitos, alternadamente, por voto secreto, para mandato de 2 anos.

O Centro de Estudos e Aperfeiçoamento Funcional é órgão auxiliar do MPE/TO e visa ao aprimoramento profissional e cultural dos membros da instituição, de seus auxiliares e funcionários, bem como à melhor execução de seus serviços e racionalização de seus recursos materiais.