É uma doença causada pela infecção do endotélio de estruturas cardiovasculares, principalmente valvas cardíacas. 

A endocardite infecciosa é mais comumente causada por bactérias Gram-negativas, pois sua forma de aderência às valvas lesadas é diferente das bactérias Gram-positivas, e também por terem menor susceptibilidade à morte induzida por fatores séricos do complemento. Algumas bactérias gram-positivas possuem maior resistência ao complemento e associam-se à endocardite infecciosa, como bactérias do grupo Hacek e a Pseudomonas aeruginosa, em usuários de drogas intravenosas.

A doença caracteriza-se por bacteriemia persistente, podendo acarretar alterações morfológicas e funcionais, as quais se expressam por diferentes sinais e sintomas. É fatal quando não tratada com antimicrobianos.

As lesões endoteliais predisponentes à aderência bacteriana podem ser de origem mecânica ou inflamatória. Escoriações do endotélio permitem o contato do sangue com o tecido subendotelial, desencadeando a cascata de coagulação no local.